The Spatiotemporal Proteome Landscape of Aging: Structural determinants of age-sensitive proteome remodeling
이 연구는 효모 노화 모델을 기반으로 한 대규모 로봇 자동화 및 머신러닝 기법을 활용하여 노화 과정에서 단백질의 공간적 재배치와 농도 변화를 체계적으로 규명하고, 단백질 구조적 특성이 노화 민감성을 결정하는 핵심 원리임을 규명했습니다.
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systems biology
144 편의 논문
Single-Cell Spatial Proteomics Uncovers Molecular Interconnectivity among Hallmarks of Aging
이 논문은 효모의 노화 과정에서 단일 세포 공간 프로테오믹스 분석을 통해 노화의 주요 특징들 간의 분자적 상호연결성을 규명하고, 핵소체 기능 장애, 프로테오스타시스 감소, 미토콘드리아 기능 부전 등이 다른 노화 징후에 선행하는 위계적 실패 순서를 제시합니다.
The Potential Effect of Vitamin D Supplement on Selected Coagulability Predictors in Vape-Exposed Female Rats
이 연구는 전자담배 노출로 인한 염증 및 응고 이상을 고용량 비타민 D 보충이 완화하고 니코틴 의존성을 낮출 수 있음을 시사합니다.
Aging under immunosuppression reshapes human immune compartments and lowers clinical alloreactivity after heart transplantation
본 연구는 심장 이식 환자의 나이가 증가할수록 이식편 거부 반응 위험이 감소하며, 이는 노화 관련 면역 세포 변화와 만성 염증 경로와 연관되어 있음을 규명하여 노령 이식 환자에 대한 맞춤형 면역억제 전략의 필요성을 시사합니다.
CellSwarm: LLM-Driven Cell Agents Recapitulate Tumor Microenvironment Dynamics and Sense Indirect Genetic Perturbations
이 논문은 손으로 작성된 규칙에 의존하던 기존 종양 미세환경 시뮬레이션의 한계를 극복하고, 대규모 언어 모델 (LLM) 을 인지 핵심으로 활용하여 세포 간 상호작용을 재현하고 간접 유전적 변이를 감지하며 치료 반응을 예측하는 새로운 에이전트 기반 프레임워크 'CellSwarm'을 제안합니다.
NF-κB transcriptionally enhances p53 accumulation dynamics hampering DNA repair
이 연구는 염증성 사이토카인에 의한 NF-κB 의 활성화가 TP53 전사를 촉진하여 p53 의 진동적 동역학을 지속적 축적으로 변화시키고, 이로 인해 역설적으로 DNA 수리 능력이 저해된다는 새로운 기전을 규명했습니다.
What microbes want: exploring microbial substrate preferences with the Web of Microbes Agent
이 논문은 베이지안 개인화 순위 (BPR) 모델, Phydon 성장 모델, 그리고 대형 언어 모델 (LLM) 을 통합하여 미생물의 기질 선호도를 예측하고 실험을 자율적으로 설계·분석할 수 있는 '미생물 웹 에이전트 (Web of Microbes Agent)'를 개발하여 미생물 배양, 마이크로바이옴 공학 및 환경 미생물학 분야에 혁신적인 도구를 제시했습니다.
A Fine-Tuned Phosphatidylinositol Profile Contributes to Colonocyte Differentiation and Malignization: Evidence From Integrated Omics
이 논문은 통합 오믹스 분석을 통해 대장 상피세포의 분화와 악성화에 있어 아라키돈산과 모노불포화 지방산의 인산이노시톨 종 교체 및 관련 전사 네트워크의 핵심적 역할을 규명하고, 암 발생 시 이러한 지질 재구성과 분화 프로그램이 상실됨을 밝혔습니다.
Flow constraints at infection site shape multiplication-dissemination trade-offs and opposite regulatory programs of Xanthomonas and Ralstonia xylem pathogens
본 연구는 식물 체관 내 유체 흐름이라는 환경적 제약이 Xanthomonas 와 Ralstonia 라는 두 세균 병원체의 전파 및 증식 간 상충 관계를 완화하기 위해 정반대의 유전자 조절 프로그램을 진화시켰음을 규명했습니다.
Acute Smurf mortality and inter-phase dependence in Drosophila and mice identified through comprehensive modelling and statistical analysis of two-phase ageing
이 논문은 초파리와 생쥐의 장기 생존 데이터를 정밀한 통계 모델링으로 분석하여 노화가 비연속적인 두 단계로 진행되며, 장벽 기능 상실 (Smurf) 상태로의 전환 직후 급격한 사망률이 발생하고 이전 단계의 지속 시간과 이후 수명 간에 미세한 음의 상관관계가 있음을 규명했습니다.
Multi-Omics Mapping of Human Kidney Reveals Complement-Mediated Cellular Dynamics During Progression of Focal Segmental Glomerulosclerosis
이 연구는 다중 오믹스 기법을 활용하여 FSGS 의 진행 과정에서 보체 활성화가 포도세포와 편평상피세포 (PEC) 의 신호 전달 변화를 유발하고, 이로 인해 세포 간 상호작용이 교란되며 사구체 및 간질 섬유화가 진행된다는 새로운 병리기전을 규명했습니다.
A versatile method to pattern surfaces within microfluidic devices
이 논문은 상용 재료를 활용한 광리소그래피 기법을 통해 밀폐된 마이크로유체 장치 내부의 유리 및 PDMS 표면에 DNA, 단백질, 금 나노입자 등 다양한 물질을 정밀하게 패터닝할 수 있는 다목적 방법을 제시하고, 공유결합과 비공유결합 DNA 패터닝의 특성을 비교 분석합니다.
Single-phage profiling illuminates viral individuality during cell fate determination
이 논문은 par-seqFISH 기술을 활용하여 박테리오파지 람다의 단일 개체 수준 전사 활동을 분석함으로써, 숙주 세포의 용해 또는 용원성 결정이 개별 파지 간의 합의에 의해 이루어지며 세포 전체의 행동이 동일한 유전 회로의 물리적으로 구별된 복사본들의 활동에서 어떻게 발현되는지를 규명했습니다.
Microgravity affects the nervous system and aging in C. elegans through reduced tactile stimulation
이 연구는 미세중력 환경이 C. elegans 의 기계수용체 유전자 발현을 억제하여 신경근육 기능 저하와 노화를 가속화하지만, 배지 내 작은 구슬을 통한 물리적 자극을 제공함으로써 이러한 부정적 영향을 완화할 수 있음을 보여줍니다.
Modeling and Tracking of Heterogeneous Cell Populations via Open Multi-Agent Systems
이 논문은 골육종과 간질 줄기세포가 공존하는 복잡한 환경에서 세포의 분열, 이동, 상호작용을 정밀하게 추적하고 계보도를 생성하기 위해 맞춤형 오픈 멀티에이전트 시스템과 확장 칼만 필터를 결합한 새로운 알고리즘을 제안하고 그 유효성을 입증합니다.
Longitudinal dynamics of organ-specific proteomic aging clocks over a decade of midlife
이 연구는 10 년에 걸친 중년 성인의 종단적 데이터를 분석하여 장기별 프로테오믹 노화 시계가 교차단면적 훈련을 검증하고, 면역 및 지방 시스템이 노화 허브 역할을 하며, 특히 여성의 경우 폐경이 다기관 노화 가속화와 밀접하게 연관됨을 규명했습니다.
Spatial Rewiring of Enterocyte Identity in Celiac Disease
이 연구는 공간 및 단일세포 전사체 분석을 통해 셀리악병에서 BMP 와 WNT 를 생성하는 간엽세포 간의 거리 감소로 인해 장세포가 다양한 구획 프로그램을 동시에 발현하는 새로운 정체성을 획득하고 위장 세포와 유사한 전이를 겪는다는 것을 규명했습니다.
Evolution on degenerate fitness landscapes is not neutral: curvature drives directional bias
이 논문은 적응도 경관의 퇴화성 (degeneracy) 이 중립적 진화를 의미하지 않으며, 확률적 돌연변이 - 선택 역학과 경관의 곡률 간의 상호작용을 통해 진화가 명시적인 최적화 없이도 곡률이 낮은 (평탄하고 견고한) 영역을 선호하는 방향성 편향을 보임을 규명했습니다.
Mapping regulatory networks underlying Leishmania stage differentiation reveals an essential role for protein degradation in parasite development
이 연구는 5 층 통합 시스템 분석을 통해 리슈만편모충의 생활사 전환이 유전체 적응이 아닌 mRNA 분해, 단백질 번역 및 분해 등 전사 후 조절 메커니즘에 의해 주로 조절됨을 규명하고, 특히 프로테아좀에 의한 단백질 분해가 기생충 발달에 필수적임을 입증했습니다.
Spatially Resolved Reaction-Diffusion Modeling Reveals Effects of Intracellular Spatial Heterogeneity on Yeast Galactose Network Dynamics
이 연구는 효모의 갈락토스 스위치 시스템을 대상으로 한 공간적 반응 - 확산 모델링을 통해, 세포 내 3 차원 구조와 국소적 반응 규칙을 고려할 때 기존 균질 가정 모델과 달리 유전자 조절 예측이 질적으로 달라질 수 있음을 입증했습니다.